从2013年起到2015年底前，财政部、水利部全面实施农村水电增效扩容改造，国家将投约80亿元带动地方政府、社会投资约140亿元，改造4000多座老旧农村水电站，使年发电量从220亿千瓦时增加到320亿千瓦时。仅江西一省，中央财政投入5.30亿元，省级财政投入5.30亿元，项目单位筹资5.01亿元，改造459座老旧农村水电站，今年开工302个项目。那么，农村水电站增效扩容改造应注意哪些税收问题呢？

　　增值税有关规定

　　根据水电站的具体情况，农村水电站适用不同的征收率和税率。年销售额50万元以下的水电站为小规模纳税人，根据增值税暂行条例规定，适用3%的征收率。年销售额超过50万元的水电站为增值税一般纳税人。装机容量为5万千瓦以下（含5万千瓦）视为小型水力发电单位，《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税〔2009〕9号）第二条规定，有权选择按照简易办法适用6%征收率计算缴纳增值税，可以开具增值税专用发票，但不得抵扣进项税额。

　　年销售额超过50万元，且装机容量超过5万千瓦，则按增值税法定税率17%计算缴纳增值税，可以开具增值税专用发票，也可以抵扣进项税额。

　　增效扩容改造后，装机容量有所提升，随之销售电力收入有所增长。这就会带来两个变化：原来年销售额50万元以下的可能会超过50万元，这就需要及时申请认定增值税一般纳税人。若不及时认定，税务机关就会强制认定。那就意味着既要按17%的税率计缴增值税，又不能抵扣进项税额。水电站肯定承受不住。

　　装机容量为5万千瓦以下的增值税一般纳税人，改造后装机容量可能超过5万千瓦，就不再适用简易方法的6%征收率。有纳税人提出异议，财税〔2009〕9号文件第二条还有一款规定：“一般纳税人选择简易办法计算缴纳增值税后，36个月内不得变更。”这一规定应视为对征纳双方都有效力的约束。不管简易办法对纳税人有利还是对征税机关有利，都得等36个月期满再说，期满前税务机关不能强行要求水电站按17%税率计缴增值税；期满后水电站才改变计税方法，按17%税率计缴增值税。税务机关认为，这样理解有误。因为符合条件的一般纳税人才可以选择简易方法，已经不符合条件了就自动没有了选择。

　　企业所得税有关规定

　　水电站虽然是公共基础设施，但《公共基础设施项目企业所得税优惠目录（2008年版）》只列入了“水力发电新建项目”，增效扩容改造旧水电站不在其列，因此不能享受公共基础设施项目所得税“三免三减半”优惠。

　　水电站增效扩容改造涉及很多问题，除提高电力输出效能外，还要考虑防止水源污染，防止地质灾害，符合河流综合规划、防洪规划和水能资源开发规划等等。企业可以查看自己购进的新设备是否列入《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》或《安全生产专用设备企业所得税优惠目录》，只要列入了目录，就能以专用设备投资额的10%抵免应纳税额，而且能在此后5年内结转抵免。

　　财政补助资金要计收入。增效扩容改造项目符合一定的条件，就能获得中央和省、市各级的财政补贴。这些补贴应当计入应纳税所得额。