分公司和子公司在税收待遇方面有着明显不同：子公司是独立法人，在税收上应该单独核算，不能与母公司合并纳税；分公司不是独立法人，可以和总公司合并纳税，当分公司和总公司任何一方发生亏损时都可以实现盈亏互抵以减轻税负。正是这种区别为跨国公司在华扩张即设立从属机构时进行税务筹划提供了很大空间。
　　例如一家总部在北京的跨国公司，2004年在郑州设立一个销售分公司，该分公司不具备独立纳税人条件，年所得额汇总到总公司集中缴纳。2004年底，郑州销售分公司生产亏损50万元，而北京总公司盈利150万元，假设不考虑应纳税所得额的调整因素，使用所得税税率为33%，该公司2004年应缴所得税为：（150－50）×33%＝33（万元）。
　　如果郑州销售分公司为子公司的话，2004年北京总公司应缴所得税为：150×33%＝49.5（万元）。郑州销售子公司的亏损只能留至出现利润的以后年度弥补，且需在5年以内，否则过期不得弥补。在这种情况下，汇总纳税方式降低了公司当期税负，推迟了公司纳税期。
　　扭亏为盈后的选择
　　如果从属分支机构所在地的税率比在华总公司的负担税率要低，那么在扭亏为盈之后，跨国公司就会考虑将该从属机构新登记成立一家子公司（不是原企业的分立，也不是将分公司的资产转移给子公司），以便享受到低税率和新建企业的税收优惠。但是我国对于外资企业所得税的优惠有一个时间上的安排，比如两免三减半等，这种时间效用很强的税收优惠也会影响到跨国公司如何安排在华分支机构。此时他们会考虑是在出现盈利之初便成立为子公司，还是等到经营利润足够大时再成立子公司。
　　如果等到经营利润足够大时成立，可以最大限度地利用税收优惠政策，其实际享受到的优惠也会因为利润增大而增大；而在出现盈利之初便成立，其实际享受到的优惠则会因为利润较小而非常有限。但是出现利润之初成立，企业可以最快地利用优惠政策少缴税款，这对于缺少资金的企业来说是很重要的，而且每项产品都有一定的生命周期，如果等到利润较大时再成立子公司，产品可能已经进入衰退期，受到的优惠也就随着时间的推移而逐渐减少。况且货币具有时间价值，早期获得的优惠和后期获得的优惠不能直接从数字上进行比较，再加上国家的政策不断调整和投资机会的经常变化，也会使得后期获得受益的有效程度受到挑战。在这种情况下，他们会进行综合比较，进行更加精细的筹划。
　　资金投入的动态筹划
　　跨国公司进行资金投入动态筹划的核心是在再生产经营初期加大投入，比如加大广告费用、科研费用等开支，使得总公司的盈利减少，等设立了子公司后，将最大盈利项目设在子公司。这样，由于总公司的盈利情况不会发生较大变化，也不会导致税务机关认定母、子公司之间实行转让定价而进行纳税调整。这种前期的高投入一般会带来后期的高收益，子公司的高收益马上会因为税收优惠政策而得到很好的实际效果。