《财政部、国家税务总局关于将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国范围实施的通知》（财税〔2015〕116号，以下简称“116号文件”）中，对中小高新技术企业以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本过程中的个人股东所得规定了特殊的个人所得税处理方式，允许个人股东递延纳税和在特殊情况下豁免其纳税义务。这一规定的实施将减轻中小高新技术企业的个人股东在获得转增股本当期的纳税负担，从而会激发个人投资中小高新技术企业的热情，可以说是一个有利大众创业和中小高新技术企业发展的大“馅饼”。
　　在116号文件出台前，除了上市企业或在全国中小企业股份转让系统挂牌的企业分别按照《关于实施上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2012〕85号）和《关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2014〕48号）适用流通股相关的特殊处理规定之外，转增股本的个人所得税原则上应当在发生所得的当期缴纳，但由于纳税义务必须以现金履行，而转增股本时个人股东没有获得现金流入，因此纳税人在当期纳税可能存在困难。
　　对于中小高新技术企业的个人股东而言，这一问题在116号文件中得到了解决。按照该文件规定，如果个人股东一次缴纳个人所得税确有困难的，可根据实际情况自行制定分期缴税计划，在不超过5个公历年度内（含）分期缴纳，并将有关资料报主管税务机关备案。但是采用何种方法计算分期缴纳的税款，该文件并无详细规定。和《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）的处理相同，116号文件在允许股东分期缴纳个人所得税的同时，也对这一规则做了补充，即如果纳税人在获得转增的股权后通过转让这些股权获得了现金收入，则这部分现金将优先用于缴纳税款。
　　除允许中小高新技术企业的个人股东在获得转增资本后分期缴纳税款之外，考虑到中小高新技术企业具有较高的经营风险，一旦经营失败，个人股东将蒙受较大的损失，且这个损失将不能从其个人所得中扣除，116号文件还赋予纳税人一项重要权利，即特殊情况下的纳税义务豁免。按照该文件规定，在股东转让该部分股权之前，企业依法宣告破产，股东进行相关权益处置后没有取得收益或收益小于初始投资额的，主管税务机关对其尚未缴纳的个人所得税可不予追征。
　　例如，中小高新技术企业B公司在经营期间向个人股东A转增股本价值100万元，A实际支付增资资金20万元，则收益为80万元。A就其所得申请在5年内分期缴纳，5年之内B公司破产，A在进行权益处置后，其转增股本部分收回投资15万元，收益小于其初始投资资金，则其80万元收益的个人所得税未缴纳部分，税务机关可以不再追征。
　　以上116号文件规定的两个特殊个人所得税处理方式无疑是对中小高新技术企业及其股东的重大利好，但纳税人需要注意，只有同时满足以下三个条件，才能享受上文所述的特殊处理待遇：
　　1.被投资企业必须符合中小高新技术企业的条件。116号文件规定的中小高新技术企业标准，是指注册在中国境内的，取得高新技术企业资格，且年销售额和资产总额均不超过2亿元、从业人数不超过500人的企业。
　　2.被投资中小高新技术企业，其企业所得税申报应当采用查账征收方式。个人股东如果投资于采取核定征收方式的企业，其转增股本时股东不能享受116号文件的特殊待遇。
　　3.被投资企业不能是上市中小高新技术企业或在全国中小企业股份转让系统挂牌的中小高新技术企业。如果个人股东投资这两种企业而取得公开流通的股份或股权，其取得转增股本的个人所得税计算应当按照财税〔2012〕85号和财税〔2014〕48号的规定执行：持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额；持股期限超过1年的，暂减按25%计入应纳税所得额。