我公司是增值税一般纳税人，每月有一定的货物通过上海外轮代理公司代理出口。最近，当地税务机关告诉我们，由于上海外轮代理公司开给我们的海运费发票是国际货物运输代理业专用发票，因为有“代理”二字，所以不能抵扣进项税，同时他也给我们展示了其他公司可以抵扣的海运费发票复印件（是一家物流公司开具的海运费运输发票，确实没有“代理”二字），并明确告诉我们，海运费是否可以抵扣进项税的依据就是看它的发票上是否由“代理”二字。对此，我们很不理解。
　　以上问题，涉及公司每月近十万元的抵扣额，烦请钟税官能及时回复，谢谢！
　　《国家税务总局、交通部关于启用〈国际海运业运输专用发票〉和〈国际海运业船舶代理专用发票〉有关问题的通知》（国税发[2000]9号）规定，从2000年4月1日起，从事国际海运经营人一律使用《国际海运业运输专用发票》或《国际海运业船舶代理专用发票》（以下简称《专用发票》）。国际海运公司和外商独资船务公司及其分公司使用《国际海运业运输专用发票》，国际海运船舶代理公司使用《国际海运业船舶代理专用发票》。企业在开具《专用发票》时，必须在“费用明细”栏中分别列明运费（含多式联运全程运费）、船舶代理费及其他服务费项目。
　　根据我国增值税法有关规定，增值税一般纳税人支付的国际货物运输费用，可以抵扣进项税额。来信中提到的上海外轮代理公司开给你们的国际货物运输代理业专用发票，应该是《国际海运业船舶代理专用发票》，不是《国际海运业运输专用发票》。《国家税务总局关于增值税一般纳税人支付的货物运输代理费用不得抵扣进项税额的批复》（国税函[2005]54号）规定，国际货物运输代理业务是国际货运代理企业作为委托方和承运单位的中介人，受托办理国际货物运输和相关事宜并收取中介报酬的业务。因此，增值税一般纳税人支付的国际货物运输代理费用，不得作为运输费用抵扣进项税额。
　　根据上述文件规定，当地税务机关规定你们取得的“国际货物运输代理业专用发票”不得作为运输费用抵扣进项税额是有法律依据的。