某有限责任公司成立于2002年4月，有自然人股东四人，其中股东甲以一项无形资产出资，确认价值为200万元，公司账面实收资本200万元。2005年4月，甲股东退出，公司报经批准后减少注册资本，同时将该项无形资产退还甲股东。退还时的账面价值为140万元，公允价值为180万元，公司未支付甲股东其他款项。
　　根据《企业会计制度——会计科目和会计报表》规定：“企业按法定程序报经批准减少注册资本的，借记‘实收资本’科目，贷记‘现金’、‘银行存款’等科目。”《财政部、国家税务总局关于执行<企业会计制度>和相关会计准则有关问题解答(三)的通知》(财会[2003]29号)规定：“企业回购本公司股票相关的会计处理为：企业应按回购股份的面值，借记‘股本’科目，按股票发行时原记入资本公积的溢价部分，借记‘资本公积——股本溢价’科目，回购价格超过上述‘股本’及‘资本公积——股本溢价’科目的部分，应依次借记‘盈余公积’、‘利润分配——未分配利润’等科目，按实际支付的购买价款，贷记‘银行存款’等科目：如回购价格低于回购股份所对应的股本，则应按回购股份的面值，借记‘股本’科目，按实际回购价格，贷记‘银行存款’科目，按其差额，贷记‘资本公积——其他资本公积’科目”，该公司应作如下账务处理(假设不考虑其他税费)：
　　借：实收资本　2000000
　　　贷：无形资产　1400000
　　　　　应缴税金——应缴营业税90000  (1800000×5％)　　
　　　　　资本公积——其他资本公积  510000
　　本例某公司减资实际上可以看作先减资，然后以无形资产偿还应付甲股东债务(退股款)。以无形资产偿还应付甲股东退股款，应按照债务重组的有关规定进行纳税调整。
　　(一)无形资产公允价值与账面价值的差额
　　《企业债务重组业务所得税处理办法》(国家税务总局令第6号)规定：“债务人(企业)以非现金资产清偿债务，除企业改组或者清算另有规定外，应当分解为按公允价值转让非现金资产，再以与非现金资产公允价值相当的金额偿还债务两项经济业务进行所得税处理，债务人(企业)应当确认有关资产的转让所得(或损失)。”因此，该公司在申报2005年度企业所得税时，应当将无形资产公允价值与账面价值之间的差额40万元(180-140)调增应纳税所得额。
　　(二)应付退股款与无形资产公允价值的差额
　　对于应付退股款与无形资产公允价值的差额如何进行纳税调整存在两种意见：
　　第一种意见认为：国家税务总局令(第6号)的规定：“债务重组业务中债权人对债务人的让步。包括以低于债务计税成本的现金、非现金资产偿还债务等，债务人应当将重组债务的计税成本与支付的现金金额或者非现金资产的公允价值(包括与转让非现金资产相关的税费)的差额，确认为债务重组所得，计入企业当期的应纳税所得额中。因此，该公司应当调增2005年度企业所得税应纳税所得额11万元(200-180-9)。
　　第二种意见认为：财会[2003]29号文件规定：“按照《企业会计制度》规定，企业为减资等目的，在公开市场上回购本公司股票，属于所有者权益变化，回购价格与所对应股本之间的差额不计入损益；税法规定，企业为减资等目的回购本公司股票，回购价格与发行价格之间的差额，属于企业权益的增减变化，不属于资产转让损益。不得从应纳税所得额中扣除，也不计入应纳税所得额。对企业为减资等目的回购本公司股票，会计处理与税法规定一致，无须进行纳税调整。”因此，该公司减资可比照股份有限公司回购股票，不作纳税调整。
　　第二种意见处理是正确的。国家税务总局令(第6号)是对债务重组的一般规定，当减资的同时出现债务重组时，财会[2003]29号文件是对债务重组的特殊规定，按照特别法优于一般法的原则，该公司应根据财会[2003]29号文件进行纳税调整，有限责任公司减资与股份有限公司回购股票的实质是基本相同的，因此可比照回购股票的相关规定进行处理。
　　此外，甲股东退股，应当看作是某公司“回购”甲股东股权，根据个人所得税法的相关规定，甲股东取得的退股所得，应当视同转让股权所得，按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税，税款由该公司代扣代缴。在本例中，甲股东取得无形资产的公允价值小于初始投资成本(180<200)，因此不需要缴纳个人所得税。如果某公司除退还甲股东该项无形资产外，还另支付现金80万元，则某公司应扣缴甲股东个人所得税12万元[(180＋80－200)×20％]。