答：《企业研究开发费用税前扣除管理办法》（国税发[2008]116号）第十一条规定，企业申请研究开发费加计扣除时，应向主管税务机关报送如下资料：

　　（一）自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算。

　　（二）自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。

　　（三）自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表。

　　（四）企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。

　　（五）委托、合作研究开发项目的合同或协议。

　　（六）研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。

　　第十三条规定，主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书。

　　参照如下地方规定：

　　《河南省企业研究开发费用认定管理实施意见[试行]》（豫科[2009]101号）第十五条规定，企业申请研究开发费用加计扣除的，应于年度汇算清缴所得税申报前，向主管税务机关报送如下资料：

　　……

　　（十）以下企业应提供省级科技行政管理部门的研究开发项目鉴定意见书：

　　1.年度研究开发费用加计扣除额在1000万元以上的企业；

　　2.跨省辖市集中研究开发费用的集团公司。

　　《江苏省关于印发〈企业研究开发费用税前加计扣除操作规程[试行]〉的通知》（苏国税发[2010]107号）第四条规定，企业享受研究开发费用税前加计扣除政策一般包括项目确认、项目登记和加计扣除三个环节。

　　第五条规定，项目确认是指享受研究开发费用税前加计扣除政策的项目，需经当地政府科技部门或经信委进行审核，并取得《企业研究开发项目确认书》。

　　第六条规定，项目登记是指企业取得《企业研究开发项目确认书》后，经主管税务机关审核，主管税务机关对项目进行登记并出具《企业研究开发项目登记信息告知书》（式样见附件2）。

　　第七条规定，加计扣除是指在企业所得税年度纳税申报时，企业对已经登记的研发项目所发生的研发费用，备案后享受税法规定的研发费用加计扣除优惠政策。

　　第十六条规定，企业当年立项或变更立项的研究开发项目，应自项目立项或变更立项之日起1个月内申请项目确认和登记；企业跨年度开发的研发项目，在首次立项研发的年度申请项目确认和登记，以后年度不再报送研究开发项目确认和登记资料。

　　依据上述规定，企业申请研究开发费用加计扣除的，当年立项的研究开发项目，政府科技部门跨年度确认，应于年度汇算清缴所得税申报前（次年5月31日前），向主管税务机关报送相关资料。