目前，国家对货运行业的一系列政策性规范，使得货物运输企业逐渐向规模化、正规化、信息化发展，但在实际的征管工作中发现，还有相当多的物流企业特别是私营货运企业管理水平仍然较为低下，很多企业的税收管理遵从度较低，自我约束意识不强，甚至有个别企业故意违规，加之社会上的违法犯纪分子利用现行税收管理体制的漏洞推波助澜，给税务部门的日常管理特别是对货运发票的管理造成了一定难度。
一、政策现状
现行税收政策规定，企业支付的运输费用的7%，可以用来抵扣整个生产经营过程的增值税。属于可抵扣增值税的“四小票”之一。对于应缴纳所得税的企事业单位，运费如果发生在购进材料过程中，直接计入生产成本，若为销售或非生产过程的运输费用，则直接计入当期损益。为了加强管理，国家税务总局从2003年10月起，陆续出台了“三个办法和一个方案”（即《货物运输业营业税征收管理试行办法》、《运费发票增值税低扣管理试行办法》、《货物运输业营业税纳税人认定和年审试行办法》和《货物运输业发票管理流程实施方案》）等一系列规范性文件，上述办法措施，对规范货物运输业税收日常管理，堵塞税收漏洞起了根本性的作用。其中对运输企业的税收特别是发票的管理作出了很多具体的规定，如有关自开票资格审批、年审、日常管理、发票审核、数据报盘网上对比及代开票管理等等，各地的税务机关据此也相应予以细化，如设立开票警戒线制度，执法责任追究控制等等。由于代开票管理中的税务机关代开和中介机构代开税务部门管理较为集中和便捷，并且经税务部门核准由中介机构代开的现象较少，存在问题相应较少。而由于自开票纳税人经营分散，素质参差不齐，加上税务部门的人员、时间、精力、方法、经费有限，就屡屡出现了“道高一尺，魔高一丈”的怪现象。
二、存在的相关问题及危害
1、制造、买卖、开具、接受假货运发票。笔者在若干年前就发现过一家电力生产企业接受的燃料运费发票中竟然有近三分之一是假票，金额巨大，票样林林总总，千奇百怪。2005至2006年，笔者参与税务部门和公安部门联合查处案件时发现一家规模并不大的公司从2004年8月到2005年6月短短不到一年的时间里，以非法取得的100多份伪造货物运输发票申报偷逃增值税款300多万元、虚列成本5000多万元，偷逃企业所得税1600余万元。
2、虚开、接受虚开货运发票。一是完全虚开。具有自开票资格的企业，根本就不存在某项运输业务，而是根据他人需要虚假开具发票，采取手机短信、QQ群、电话、网上广告“悬开”甚至主动上门等方式，为他人开具发票并谋取“好处费”、“手续费”；二是部分虚开。存在运输业务，将运费之外的不合理开支计入运费，开具货物运输发票。包括运费与商业贿赂支出、各种行政违章罚款等非法开支不分；运费、装卸费、保险费和其他杂费不分；运费、货款不分等。
3、代开发票。一是没有自备运输车辆，通过非法手段骗取自开票资格，对外承接业务，只开票不承运。接到业务后就找其他单位或个人承运，然后代开发票收取手续费。二是具有自有运输工具，对外承接业务，由于自身运力有限，部分承运，剩余部分找其他单位或个人承运，向受票方统一开具发票，并且没有向其他单位或个人索要货运发票抵减总自己的总营业额。三是向他人开具非自己提供的货物运输业务发票，可分为应他人要求开具和主动上门为他人开具两类，按照开票金额收取一定的费用，该项税费中包括了应该缴纳的一定的税费和一定量的所谓的手续费。
4、寻求代开发票的主要群体。一是众多的个人无证运输户或个体工商运输户。二是部分的货运代理公司。与托运方签订运输合同，合同注明提供货运劳务，自身没有资格开具发票，而取得其他运输公司代开的发票提供给受票方。三是部分增值税企业。由指定货运公司分提供货运劳务，但接受的却是别的运输公司的运输发票。这类发票往往就包含了代开的发票。四是部分的小型货运企业或配货站。自己没有取得自开票资格而提供货运劳务，不是到税务部门代开，转由其他货运企业代开。
三、问题的主要原因
1、利益诱因。企业开具的货运发票，可以用来抵扣增值税一般纳税人的销项税额，减少应缴纳的增值税；也可抵扣有关货运企业的总营业额；作为成本可抵减企业所得税的应纳税所得额，这些对企业产生了利益诱惑。
2、各地经济发展不平衡。一些地区，特别是经济相对落后的地区，县、区、乡镇政府部门间接甚至直接介入，希望通过货运发票和其他发票来“引税”、 “吸税”，采用不合法手段对税收收入进行交易，导致虚开代开货物运输业发票现象没有得到有效遏制。
3、一票两管、不易管理。目前运费发票的印制、领购、开具及缴销的管理和监督均由地税部门负责，而运输发票的增值税进项税额抵扣管理则由国税负责，人为地将发票的管理割裂开来，容易造成脱节。
4、税源零散，取证困难。一是由于种种利益关系，车辆的所有者通常与企业结成同盟，提供虚假证明，使得税务机关审核检查取证较难，难以准确判断。二是很多运输企业发票开具票量较多，若干个货运企业会产生上万笔业务，相当数量的业务基本上是现金支付，数额大小不一，全部提供有关业务证明很难实现。
另外，我国的货物运输业运发展较为滞后，大量的个人无证运输户、个体工商运输户以及小货运企业还是一支非常庞大的队伍。纳税人为了逃避一定的税收费用和从方便出发，业务发生后，便寻求取得“方便”、“便宜”的代开的货运发票。
四、应对方法及工作思路
1、从社会环境角度考虑，建议采取以下措施：一是建议有权机关适当降低整体税负，并在全国范围内加大对税收行政违法和税收刑事犯罪的处罚打击力度，真正做到税负公正，以“违法犯纪风险最大化”为原则确定税负水平，使依靠非法降低税收成本发家致富的人真正感受到“钱”途无望。二是建议有权机关继续深入进行财税制度改革和政府职能改革，做到税收收入指标量力而行，招商引资步入正轨，税收优惠依法行事，不能只顾眼前利益，而因小失大。
2、从增值税税制角度考虑，要做以下努力：一是有权机关取消货运发票抵扣增值税的规定，在税前扣除项目中予以列支，相应降低增值税税率，参照招待费用扣除标准的方式在税前扣除项目中的规定货物费用最高扣除率，消除一般纳税人对货运发票的奢望，从体制上限制了“税耗子”钻税收政策的空子，降低征管难度。二是建议有权机关降低货运发票抵扣增值税率的抵扣率，从税制上根除用低税率的货运税票高率抵扣增值税的现象。三是建议有权机关扩大增值税征收范围。对货运行业征收增值税，解决管理脱节问题，从目前大部分地区实行的生产型增值税来看，运输企业几乎没有进项，无法承受17%的税率。
3、从税控系统方面的考虑，要进一步实行完全意义上的税控和电子数据采集系统。如果统一制作一个可应用于互联网的开票软件，由税务机关设定企业和密码、操作权限、开票上限等，并通过互联网络上报，即时经地税机关网上对比审核后即时转国税机关对比，减少错误的发生，杜绝漏报误报现象，既约束了部分不法纳税人，也减少了税务机关的工作量问题，提高了管理效率。
4、从税务机关管理及服务方面的考虑，笔者认为，可以从以下几方面入手：一是借鉴部分省市实行的对建安房地企业集中管理的方法集中管理的做法，专门部门，专职人员，专项监控，做好货运自开票纳税人的资格认定及年审工作，强化货物运输发票领用存的管理。二是定期加强宣传和培训工作，切实提高企业主、财务人员和开票人员的业务素质。三是税务机关在港口、码头、配货市场、大型疏港企业、大型维修中心等货运集疏中心地区设置24小时代开票窗口，在严格审核的基础上简化手续，既确保税收收入及时足额收缴，又方便了广大个体经营人员及小企业。鼓励物流企业的联营联运，协调车辆接受大宗业务、做大做强，相互支持、督促其依法互相开具和取得货运发票。四是强化对货运自开票纳税人的纳税稽核评估和日常检查，重点核查纳税人提供的认定资料、运输业务和营运成本的真实性，以及发票使用、税款缴纳情况等。五是国、地税要切实加强联系，加强信息交流、共享，共同做好对运输发票的日常监督、信息比对和专项检查工作，将运输发票的检查列为国、地税联合稽查的一项重要内容。对货物运输企业，涉及查账征收方式鉴定的，由国地税双方共同商定签字认可。六是进一步强化外调工作，包括有关部门函调和上门调查。对货物运输业务的真实性、合法性予以准确核实。七是严厉打击运输发票违法行为。建立税警长效合作机制，加强与公安部门的配合与协作，对物流集散地、配货市场、港口、码头进行不定期的明察暗访和突击检查，发现问题，从快处理，提高税收管理效率和水平。
