问：2005年发生的业务，税务部门检查发现，只有抵扣联无发票联，发票联不慎丢失，但抵扣联已经认证并已经抵扣进项税，请问如何处理，是否会被处罚？
　　答：根据《发票管理办法》第36条之规定，“违反发票管理法规的行为包括: (三)未按照规定开具发票的；(五)未按照规定保管发票的；对有前款所列行为之一的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。有前款所列两种或者两种以上行为的，可以分别处罚。”《发票管理办法实施细则》规定，丢失发票属于未按规定保管发票的行为。因此，贵司在增值税专用发票已经通过认证并已经抵扣进项税额后丢失发票联，属于未按规定保管发票的行为，对此税务机关可以处以1万元以下的罚款。此外，《发票管理办法实施细则》第41条，“使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，不得丢失。发票丢失，应于丢失当日书面报告主管税务机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。”
　　根据《国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知》（国税函[2003]785号）之规定，在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。此种情况下，贵司可要求销货方到税务机关开具发票联遗失的证明，据此入账，并作为税前扣除的凭证。