根据《财政部、商务部、税务总局关于继续执行研发机构采购设备增值税政策的公告》（2019年第91号，以下简称91号公告）规定，税务总局配套制发了《研发机构采购国产设备增值税退税管理办法》（以下简称《办法》）。现解读如下：

　　一、《办法》出台的背景

　　为鼓励科学研究和技术开发，减轻研发机构研发成本，经国务院批准，财政部会同商务部和税务总局发布了91号公告，明确自2019年1月1日至2020年12月31日，继续对研发机构（包括内资研发机构和外资研发中心）采购国产设备全额退还增值税，并规定具体退税管理办法由税务总局会同财政部制定。为落实91号公告，便于研发机构办理采购国产设备退税，经商财政部，税务总局出台了《办法》。

　　二、《办法》的主要内容解读

　　（一）研发机构和国产设备的具体范围

　　办理增值税退税的研发机构和国产设备的具体范围，按照91号公告第一条、第二条和第四条的规定执行。

　　（二）研发机构如何办理采购国产设备退税备案

　　适用采购国产设备退税政策的研发机构，应于首次申报采购国产设备增值税退税时办理退税备案手续。办理手续时需要的相关资料包括研发机构资质证明资料、《出口退（免）税备案表》等。需要提醒的是，《出口退（免）税备案表》内容填写要真实、完整，其中，“企业类型”选择“其他单位”，“出口退（免）税管理类型”依据资质证明材料填写“内资研发机构（简写：内资机构）”或“外资研发中心（简写：外资中心）”，其他栏次按填表说明填写。

　　《办法》下发前已办理采购国产设备退税备案的研发机构，无需再次办理备案。

　　（三）研发机构如何办理采购国产设备退税备案的变更和撤回

　　1.如何办理备案变更。已办理备案的研发机构，《出口退（免）税备案表》中内容发生变更的，须自变更之日起30日内，持相关资料向主管税务机关办理备案变更。

　　2.如何办理撤回。研发机构发生解散、破产、撤销以及其他依法应终止采购国产设备退税事项的，应持相关资料向主管税务机关办理备案撤回。主管税务机关应按规定结清退税款后，办理备案撤回。外资研发中心在退税资格复审前，因身条件发生变化，已不符合研发机构的条件，应自条件变化之日起30日内办理退税备案撤回。

　　（四）研发机构如何进行退税申报

　　研发机构申报采购国产设备退税时，需提交《购进自用货物退税申报表》、采购国产设备合同、增值税专用发票或者增值税普通发票等资料。可办理的退税额，为增值税发票上注明的税额。

　　上述增值税发票的具体要求：1.增值税专用发票，在增值税发票综合服务平台上线后，应当已通过增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”；在增值税发票综合服务平台上线前，应当已经扫描认证通过，或者已通过增值税发票选择确认平台勾选确认。2.增值税普通发票，为开具时间为2019年1月1日至本公告发布之日前的增值税普通发票[不含增值税普通发票(卷票）]。

　　研发机构采购国产设备取得的增值税专用发票，已用于进项税额抵扣的，不得申报退税；已用于退税的，不得用于进项税额抵扣。

　　（五）研发机构办理退税的申报期限

　　研发机构采购国产设备退税的申报期限，为采购之日次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期。考虑到新冠肺炎疫情影响，2019年采购国产设备退税的申报期限，延长至2020年8月31日前的各增值税纳税申报期。

　　如果研发机构未能在规定的期限内申报退税，根据《财政部税务总局关于明确国有农用地出租等增值税政策的公告》（2020年第2号）的规定，待研发机构收齐凭证及信息后，仍可继续申报办理退税。

　　（六）税务机关如何审核办理退税

　　如果研发机构属于增值税一般纳税人，税务机关经审核符合规定的，应按规定办理退税。如果研发机构不是增值税一般纳税人，或者虽然是增值税一般纳税人、但使用增值税普通发票申报退税的，税务机关须确认发票真实、发票所列设备已申报纳税后，方能办理退税。

　　（七）已退税的国产设备转移或移作他用如何处理

　　已办理增值税退税的国产设备，自增值税发票开具之日起3年内，设备所有权转移或移作他用的，研发机构须按照规定向主管税务机关补缴已退税款。补缴已退税款按以下方法计算：

　　应补缴税款＝增值税发票上注明的税额×（设备折余价值÷设备原值）

　　设备折余价值＝增值税发票上注明的金额-累计已提折旧

　　累计已提折旧按照企业所得税法的有关规定计算。

　　（八）违法违规的处理

　　如果研发机构骗取采购国产设备增值税退税的，主管税务机关应追回已退税款，并依照税收征管法的有关规定处理。如果研发机构涉及重大税收违法失信案件被依法公布信息的，研发机构将停止享受采购国产设备退税政策，并应及时办理退税备案撤回。

　　三、执行期限

　　根据91号公告规定，《办法》的施行期限为2019年1月1日至2020年12月31日，以增值税发票的开具日期为准。

丢失增值税专用发票新政要点解析

来源：每日税讯作者：李春梅加入收藏|

　　2020年1月8日起实施的《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号）第四、五条对丢失增值税专用发票、机动车销售统一发票做出了新的规定。本文通过新旧政策对比，结合相关政策规定，对新政要点进行归纳，我们一起来看看新政策有哪些方面的变化吧。

　　一、丢失增值税专用发票或机动车销售统一发票处理新政

　　纳税人同时丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。

　　纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证；纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。

　　2020年1月8日起，《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》（2014年第19号，国家税务总局公告2018年第31号修改）第三条“简化丢失专用发票的处理流程”同时废止。

　　【政策依据】《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号）第四、五条

　　二、增值税专用发票、机动车销售统一发票基本联次的介绍

　　增值税专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，分为三联版和六联版两种。基本联次为三联：第一联为记账联，是销售方记账凭证；第二联为抵扣联，是购买方扣税凭证；第三联为发票联，是购买方记账凭证。

　　机动车销售统一发票为电脑六联式发票：第一联为发票联，是购货单位付款凭证；第二联为抵扣联，是购货单位扣税凭证；第三联为报税联，车购税征收单位留存；第四联为注册登记联，车辆登记单位留存；第五联为记账联，销货单位记账凭证；第六联为存根联，销货单位留存。

　　增值税专用发票和机动车销售统一发票的发票联、抵扣联和记账联各用不同的用途。丢失发票处理新政策，明确了通过获取复印件的方式，弥补所丢失发票联次的用途。

　　【政策依据】《增值税发票开具指南》（税总货便函〔2017〕127号）

　　三、新政变化要点分析

　　（一）统一了丢失机动车销售统一发票和增值税专用发票的规定

　　机动车销售统一发票，税收上有时是按普通发票管理的，有时是按专用发票管理的。旧政策关于丢失机动车销售统一发票和增值税专用发票的规定是不一样的，新政把两者的规定进行了统一。

　　（二）明确了发票复印件可以作为抵扣凭证、退税凭证或记账凭证

　　新政策明确了同时丢失发票联和抵扣联，销售方提供的相应专用发票记账联复印件可以作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证；纳税人丢失抵扣联，可复印自己手中的发票联，该复印件可以作为抵扣凭证或退税凭证（注：发票联没丢，故取得复印件后，抵扣凭证或退税凭证、记账凭证就齐全了）；纳税人丢失发票联，可复印自己手中的抵扣联，该复印件作为记账凭证（注：抵扣联没丢，故取得复印件后，抵扣凭证或退税凭证、记账凭证就齐全了）。

　　旧政策规定了同时丢失发票联和抵扣联，销售方提供的相应专用发票记账联复印件，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证。相较而言，新政策的规定更清晰明了，更有利于指导纳税人的实务操作。

　　（三）抵扣联和发票联同时丢失时，记账联复印件明确要求加盖销售方发票专用章

　　旧政策规定，丢失发票需要取得销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（以下简称《证明单》），并没有要求发票记账联复印件必须加盖销售方发票专用章。取消《证明单》之后，新政策规定，抵扣联和发票联同时丢失时，记账联复印件需要加盖销售方的发票专用章。

　　（四）不再区分丢失的发票是否已经认证，取消了留存备查资料的规定

　　专用发票丢失，旧政策需要区分是否已经认证相符，再做不同的处理，新政不再区分是否已经认证相符。旧政策有留存备查资料的规定，比如丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联需要丢失专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。取消《证明单》之后，留存备查的规定已经没有意义。

　　（五）减少发票丢失办理资料，减化程序，更加便民

　　一是丢失机动车销售发票的消费者，办理发票挂失损毁报告时，不再需要提供加盖销售单位发票专用章的机动车销售统一发票存根联复印件；二是一般纳税人丢失专用发票已不再需要办理已报税证明单；三是纳税人丢失发票不再需要登报声明作废。

　　四、本文政策依据

　　（一）丢失专用发票处理流程的旧政策

　　一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。

　　一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。

　　一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。

　　【政策依据】2020年1月8日废止的《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》（2014年第19号，国家税务总局公告2018年第31号修改）第三条

　　（二）税控机动车销售统一发票是否属于增值税专用发票

　　财税〔2016〕36号第二十五条的规定，从销售方取得的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）上注明的增值税税额，准予从销项税额中抵扣。

　　国家税务总局实施减税降费工作领导小组发布的《2019年减税降费政策答复汇编》中“小规模纳税人免征增值税政策”第63问“未超过免税标准的小规模开具机动车销售统一发票是否需要征增值税？”总局解答，按照现行发票管理有关规定，机动车销售统一发票在性质上属于普通发票。因此，月（季度）销售额未超过免税标准的小规模纳税人开具机动车销售统一发票的销售额，免征增值税。

　　从上述文件和答复看，机动车销售统一发票，税收上有时是按普通发票管理的，有时是按专用发票管理的。

　　（三）丢失专用发票不再需要办理已报税证明单

　　2019年11月1日起实施的《全国税务机关纳税服务规范》（3.0版）已删除“一般纳税人丢失专用发票已报税证明单开具”事项。纳税人丢失专用发票已不再需要办理已报税证明单。

　　（四）丢失发票不再需要登报声明作废

　　《国家税务总局关于公布取消一批税务证明事项以及废止和修改部分规章规范性文件的决定》（国家税务总局令第48号）对《中华人民共和国发票管理办法实施细则》进行了修改，修改后的第三十一条使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。与原三十一条相较，删除了“并登报声明作废”的规定。自2019年7月24日起取消发票丢失登报作废声明，取消后的办理方式是：“不再提交，取消登报要求”。自此，无论丢失专用发票、普通发票都不需要再提交发票丢失登报作废声明。

　　（五）丢失机动车销售发票不再需要加盖发票专用章的存根联复印件

　　根据2019年11月1日起实施的《全国税务机关纳税服务规范》（3.0版）“发票遗失、损毁报告”规范，丢失机动车销售发票的消费者，办理发票挂失损毁报告时，不再需要供加盖销售单位发票专用章的机动车销售统一发票存根联复印件。办理发票挂失损毁报告需要提交《发票挂失损毁报告表》1份。