根据国家关于辅导期一般纳税人的有关规定，目前国家对辅导期一般纳税人的增值税专用发票实行按次限量发售企业按次领购数量不能满足当月经营需要的，可再次领购，但在每次领购前，应依据上一次已领购并已开具的正数专用发票销售额的4%向税务机关预缴增值税，未预缴增值税的企业不得再次领购专用发票。同时，对辅导期一般纳税人取得的增值税专用发票实行“先比对，后扣税”的办法，这样，就造成辅导期纳税人在增购发票时先预缴了增值税，但取得的增值税专用发票却不能及时抵扣，资金占压问题较为突出。为进一步方便纳税人，国家税务总局近日又下发了《国家税务总局关于辅导期增值税一般纳税人增购增值税专用发票预缴增值税有关问题的通知》(国税函[2005]第1097号)，对预缴增值税相关问题做出了新的规定。
　　一、对预缴增值税余额的处理做出了新的规定
　　通知规定，纳税人在辅导期内增购专用发票，继续实行预缴增值税的办法，预缴的增值税可在本期增值税应纳税额中抵减，抵减后预缴增值税仍有余额的，应于下期增购专用发票时，按次抵减。
　　在此前的国税发明电[2004]37号文件中是这样规定的，企业在次月进行纳税申报时,按照一般纳税人计算应纳税额方法计算申报增值税。如预缴增值税税额超过应纳税额的,经主管税务机关评估核实无误,多缴税款可在下期应纳税额中抵减。
　　可以看出，对预缴增值税的抵扣办法主要变化是预缴的增值税款超过本期应纳税额时，原来规定是可在下期应纳税额中抵减，新文件规定是预缴的增值税可在本期增值税应纳税额中抵减，抵减后预缴增值税仍有余额的，应于下期增购专用发票时，按次抵减。就是说按原来规定，即使预缴的增值税有余额，余额也只能在下期应纳税额中的扣，而不能在下期增购专用发票时抵扣，下次增购专用发票还需要预缴增值税，这样会造成纳税人资金占压较大，按现在的规定，下次增购发票时如果以前预缴有余额，可先扣减余额，再计算此次增购发票应预缴的金额，如果此次没抵完，下次增购发票时可继续抵扣。
　　二、规定了预缴税款余额的抵减程序和办法
　　通知规定，纳税人发生预缴税款抵减的，应自行计算需抵减的税款并向主管税务机关提出抵减申请。主管税务机关接到申请后，经审核，纳税人缴税和专用发票发售情况无误，且纳税人预缴增值税余额大于本次预缴增值税的，不再预缴税款可直接发售专用发票；纳税人本次预缴增值税大于预缴增值税余额的，应按差额部分预缴后再发售专用发票。
　　三、规定了纳税人辅导期结束预缴税款的处理办法
　　通知规定，主管税务机关应在纳税人辅导期结束后的第一个月内，一次性退还纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税余额。