一家物流公司2011年9月收取运费总额20万元，但是在运输途中发生货物毁损1万元，损失由该公司承担。公司向江西省国税局12366纳税服务热线咨询，可否将货物毁损部分从收取的运费总额中扣除后，再缴纳营业税。

　　税目不同税率各不相同

　　物流企业营业税（除上海地区2012年1月1日起改征增值税外）主要涉及交通运输、邮电通信、服务业等项目，不同项目涉及不同的税目，也适用不同的税率。《营业税暂行条例》规定，物流企业提供运输、配送、装卸、搬运等劳务取得的收入，按“交通运输业”缴纳营业税，税率为3%.物流企业提供货代、仓储、包装、物流加工、租赁等业务，按“服务业”税目征税，税率为5%.单位和个人从事物流业应按其收入性质分别归类不同的项目，分别进行核算，凡未按规定分别核算不同税目营业额的，一律从高适用税率征收营业税。

　　交通运输业的计税依据

　　交通运输业的营业额，是指从事交通运输的纳税人提供交通劳务所取得的全部运营收入，包括全部价款和价外费用。如上面提到的物流公司应按全额20万元确定计税营业额，承担的1万元损失不能从营业额中扣除，即应缴纳营业税=20×3%=0.6（万元）。纳税人将承揽的运输业务分给其他单位或者个人的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位或者个人运输费后的余额为营业额。公路、内河货物运输代开发票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明的营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。例如，某公司是自开票纳税人，2011年9月份取得货运收入130万元，其中支付给其他联营运输公司运费78万元。该公司当月应纳营业税=（130-78）×3%=1.56（万元）。如果是代开票纳税人，则应纳营业税=130×3%=3.9（万元），即不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。

　　《国家税务总局关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》（国税发[2005]208号）规定，试点企业开展物流业务应按其收入性质分别核算。提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票。凡未按规定分别核算其营业税应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。例如，某公司属于试点物流企业，2011年7月取得运输收入720万元，取得服务收入150万元，如果两个项目分别核算，7月份应纳营业税=720×3%+150×5%=29.1（万元）。如果未进行分别核算，则应纳营业税=（720+150）×5%=43.5（万元）。另外还要注意，《财政部、国家税务总局关于国际运输劳务免征营业税的通知》（财税[2010]8号）规定，自2010年1月1日起，对在境内载运旅客或者货物出境、在境外载运旅客或者货物入境、在境外发生载运旅客或者货物的行为的单位或者个人，提供的国际运输劳务免征营业税。

　　代理业的计税依据

　　纳税人从事货物运输代理业务，其营业额为其向客户收取的全部价款和价外费用，扣除支付给其他单位的港口费用、运输费、保管费、出入境检疫费、熏蒸费、仓储费、装卸费及其他代理费用。其他代理费用是指支付给海陆空港的港口建设费、铁路建设基金，支付给海关的报关费，支付的集装箱费用（包括堆存费、提箱费、装箱费、拆箱费、洗箱费），支付的货物保险费，支付给运输代理单位的代理费，经省地方税务局确认的其他费用。例如，某公司从事出口运输代理业务，2011年3月份取得运输代理费收入1200万元，其中支付给其他单位的港口费、保管费、仓储费、报关费等220万元，则应纳营业税=（1200-220）×5%=49（万元）。

　　仓储业的计税依据

　　一般情况下，仓储业的计税依据为经营仓储业务收取的全部费用。但国税发[2005]208号文件明确，自2006年1月1日起，试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方仓储费后的余额为营业额，计算征收营业税。例如，某物流公司2011年8月份仓储费收入120万元，其中50万元属于其下属单位，由物流公司统一收取仓储费。当月应纳营业税=120×5%=6（万元）。如果该企业为试点物流企业，则应纳营业税=（120-50）×5%=3.5（万元）。

　　需要注意的是，物流企业扣除凭证不仅是使用单位的报销凭证，还是确定其计税依据的重要凭证。有关扣除项目，取得的凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，该项目金额不得扣除。而且，企业支付给其他单位或个人的运输费用应取得该承运企业或者个人开具的合法凭证，并就其差额缴纳营业税。否则，按全额缴纳营业税。