《财政部、国家税务总局关于营改增后契税、房产税、土地增值税、个人所得税计税依据问题的通知》（财税〔2016〕43号）规定，契税、出租房屋的房产税和个人所得税的计税依据不包含增值税，这意味着在取得同样收入的情况下，营改增后以上税种的计税依据将减少，纳税人实际税负将减轻。但土地增值税因为其独特的计税原理，纳税人的实际税负将不会如此简单的“一减了之”。

影响土地增值率的第一个因素

财税〔2016〕43号文件第三条规定，土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。《中华人民共和国土地增值税暂行条例》等规定的土地增值税扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。

根据上述规定，如果营改增前土地增值税纳税人转让房地产收入为R，扣除项目合计为r，且该纳税人具有增值税一般纳税人身份，在取得相同含税收入的情况下，营改增后转让房地产的增值税销项税额＝（R－土地出让金）÷（1＋11%），含税收入与销项税额之差为转让房地产的不含税收入。

影响土地增值率的第二个因素

如果扣除项目涉及的增值税进项税额要从销项税额中抵扣，同样以不含税金额计入扣除项目：其中，假设r1、r2、r3分别为购入建筑材料、购入建筑服务、运输服务和购入其他有关服务的扣除项目，则营改增后三项扣除项目分别为r1÷（1＋17%）、r2÷（1＋11%）、r3÷（1＋6%），可见扣除项目金额同样减少。

影响土地增值率的第三个因素

营业税作为营业税金及附加，属于《土地增值税暂行条例》第六条规定的，可以列入扣除项目的“与转让房地产有关的税金”，但是营改增后缴纳的增值税不能作为“与转让房地产有关的税金”扣除，这将减少扣除项目，从而影响土地增值率。

营改增后纳税人的税负虽然因转让收入不含税而比营改增前下降，但是增值税不再计入与转让有关的税金，开发成本也因同样的原因而下降，且因此而导致可扣除的费用限额和加计扣除金额下降，因此土地增值率和土地增值额可能会有所上升，导致土地增值税纳税义务增加，需要房地产企业特别关注。