随着国家鼓励非公经济发展政策的贯彻落实，私人诊所、个体门诊部、私立医院越来越多。对这些民办医疗机构（下称“民办医院”）的个人所得税管征问题，《国家税务总局关于从事医疗服务活动征收个人所得税问题的通知》（国税发[1997]178号）规定，“个人经政府有关部门批复，取得执照，以门诊部、诊所、卫生所（室）、卫生院、医院等医疗机构形式从事疾病诊断、治疗及售药等服务活动，应当以该医疗机构取得的所得作为个人的应纳税所得，按‘个体户’应税项目缴纳个人所得税”。
　　《财政部 国家税务总局关于医疗机构有关个人所得税政策问题的通知》（财税[2003]109号）规定，“个人投资或个人和或投资（福建省地方税务局明确，系指全部投资由自然人出资的行为）开设医院（诊所）而取得的收入，应依据《个人所得税法》规定，按照‘个体工商户生产、经营所得’应税项目计征个人所得税”，这个规定如何正确执行，有几个问题需要明确。
　　一、民办医院审批登记
　　民办医院包括私人诊所、个体门诊部、私立医院等（按卫生部门规定，用有20张以上床位的可以登记为医院，拥有5个科室且营业面积在400平方米以上的可登记为门诊部，5各科室以下且面积小于400平方米的成为诊所）是民间投资开办的医疗机构，属于民办非企业单位，也是民间组织。既然不是企业，它的设立就没有必要（目前也没有任何有效规定）像举办企业那样必须经过工商管理部门的注册登记。
　　按有关规定，民办医院的设立必须有医疗业务主管部门即卫生行政管理部门审批，取得经营许可照（类似于工商部门批给企业的“工商营业执照”），表明其具有营业资格（可对外挂牌经营）。之后再到民政部门办理经营实体的属性登记，取得《民办非企业单位（法人）登记证书》或《民办非企业单位（合伙）登记证书》或《民办非企业单位（个体）登记证书》。经过行政审批和行政登记，该医疗机构才算手续齐备、合法。
　　其中上述三种登记证书颁发原则是：一个自然人出资举办的，只能领个体证书；两个自然人以上出资举办的，可以领法人证书，也可以领合伙人证书；组织（或单位）出资或组织和自然人共同出资的，必须登记为法人。只要是登记为合伙的或个体的，即表明其投资者全部为自然人，而不是法人或组织出资，该民办医院就是个人所得税的调节范畴（登记为法人的，征收企业所得税）。《财政部 国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财政[2000]91号）规定：独资企业和合伙企业是指经政府有关部门依照法律法规批准成立的负无限责任和无限连带责任的其他个人独资、个人合伙性质的机构或组织，自然人出资成立的民办医院属于个人独资或个人合伙性质的组织，个人所得税按独资企业或和或企业进行管理。
　　此外，按照现行规定，部门个人在没有得到批准的情况下也从事医疗服务活动，对这类行为，只要是连续性的，不管是否有场所，也属于个体户经营行为征收个人所得税。
　　二、民办医院经营所得的认定
　　财税[2003]109号文件规定，民办医院的个人所得税按照“个体户的上产经营所得”应税项目来征收管理，是指民办医院的投资者以医院年度的经营所得作为应纳税所得额按照“个体户生产经营所得”应税项目计算个人所得税，因此，确定医院的年度经营所得是关键。经营所得的确定总体上应当按照财政部《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的规定，并参照《个体工商户个人所得税计税办法》。
　　具体说，民办医院每一纳税年度的营业收入总额减除成本、费用以及损失后的余额即该民办医院的年度经营利润（指税务调整的利润，不是医疗机构的会计利润--下同），其中营业收入包括疾病诊断、治疗、售药等服务取得的收入。该利润按照出资者协议规定的分配方法进行分配（没有协议的平均计算分配），每个投资者分到的份额即是缴纳个人所得税的应纳说所得额。在确定民办医院年度经营所得时，应当注意以下几项：
　　1、民办医院在经营过程中发生的与投资者和家庭混用的生活费用，不允许在计算民办医院利润前扣除；混用的固定资产，且无法划分的，由主管税务机关核定折旧费用的数额或比例。
　　2、民办医院按法律法规规定缴纳的费用及省政府规定项目和标准收取得规费，凭有效凭证准予税前扣除。
　　3、民办医院发生的与生产经营有关的业务招待费，在下列标准内凭有效凭证或单据据实扣除：全年销售收入净额在1500万元及其以下的，不超过销售收入净额的5%；超过1500万元的，不超过该部分的3%。
　　4、民办医院实际发生的工会经费、职工福利费、教育经费分别在其计税工资总额的2%、14%、1．5%的标准内据实扣除。