海关特殊监管区域是境内关外的一个进出口贸易关口，具有承接国际产业转移、联接国内国际两个市场的特殊功能和政策，由海关为主实施封闭监管的特定经济功能区域。主要包括保税区、出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、出口监管仓库、进口保税仓库、保税物流中心（A）型、保税物流中心（B）型、珠海跨境工业园区、霍尔果斯边境合作区等10多种类型。由于各类型监管区的兼备功能不同，在税收政策上对其进出的运输工具、货物、物品等也按退税、免税及征税不同的政策办理。

　　一、进出海关特殊监管区域货物的税收政策

　　（一）享受出口退（免）税的货物

　　一是进入七类特殊区域的货物。根据《财政部、国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税[2012]39号）规定，出口企业经海关报关进入国家批准的出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、珠澳跨境工业区（珠海园区）、中哈霍尔果斯国际边境合作中心（中方配套区域）、保税物流中心（B型）（以下统称七类特殊区域）并销售给特殊区域内单位或境外单位、个人的货物，视同出口货物享受退（免）税政策。二是输入七类特殊区域的水电气。境内企业销售给七类特殊区域内生产企业用于生产的水电气，区内生产企业可以凭境内企业开具水、电、气增值税专用发票注明的金额申报退（免）税。三是进入七类特殊区域的列名原材料。境内出口企业（以下简称境内企业）销售给七类特殊区域内企业生产耗用的125种列名原材料（具体范围见财税[2012]39号附件6），可以按适用税率（征税率）计算办理退（免）税。如果国家调整列名原材料的退税率，列名原材料应当自调整日起按调整后的退税率执行，不再按适用税率办理退（免）税。假设境内企业甲销售给出口加工区内企业用于生产的溶于非水介质其他油漆（商品代码为3208909000），在2012年7月1日前的出口退税率为零，适用税率为17%，则退（免）税应按征税率进行计算。如果7月1日之后退税率由零上调为13%，则退（免）税应以13%为依据进行计算。四是运入保税区暂存的出口货物。出口货物如果属于境外单位或个人暂存在保税区内仓储企业的，在离境时由仓储企业办理报关手续，境外企业可在货物全部离境后，凭海关签发进入保税区的出口货物报关单及仓储企业出境货物备案清单办理退（免）税。五是保税区内企业出口的货物。区内企业所出口的货物，可以按海关出具的出境货物备案清单及相关凭证申报办理退（免）税。注意，上述出境货物备案清单应以最后一批清单上的出口日期为准申报退（免）税。

　　（二）享受出口免税的货物

　　一是进入七类特殊区域的货物。境内企业未按规定申报或未补齐增值税退（免）税凭证的出口货物享受免税政策，包括列名原材料。

　　二是输入七类特殊区域的水电气。如果区内生产企业未在规定期限内申报退（免）税，逾期的，按免税政策办理。

　　三是七类特殊区域内企业出口区内至货物境外的享受免税政策。

　　四是七类特殊区域内的企业为境外的单位或个人提供加工修理修配劳务享受免税政策。

　　五是七类特殊区域中同一区域内企业之间以及不同区域内企业之间销售特殊区域内的货物按免税政策。

　　（三）视同内销征税的货物

　　一是进入七类特殊区域以外的货物。境内企业出口至七类特殊区域以外的其他海关特殊监管区域的货物，应当开具增值税专用发票不能开具出口发票，按内销征税（国家另用规定的除外）。如境内企业出口至保税区的货物虽然有报关手续及相关单证，但属于进入七类特殊区域以外的货物，应按内销货物征收增值税或消费税。

　　二是取消出口退（免）税率的货物。境内企业出口至海关特殊监管区域内已取消退（免）税率的货物，按内销征税，但不包括来料加工复出口、中标机电产品、列名原材料、输入特殊区域的水电气、海洋工程结构物等货物。

　　三是境内企业销售给七类特殊区域内的生活消费用品和交通运输工具（非生产用），按内销征税办理。

　　四是进入七类特殊区域未申报免税的货物。境内企业未按规定时限申报免税的，应视同内销货物和加工修理修配劳务征收增值税、消费税。

　　二、出口退（免）税的计税依据

　　（一）增值税退（免）税的计税依据

　　进区享受出口退（免）税的货物，其计税依据应以出口发票（外销发票）、其他普通发票或增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书来确定。输入七类特殊区域的水电气以购进水、电、燃气的增值税专用发票注明的金额为计税依据。如：某保税港区内的B企业主要加工生产牛仔裤出口，所耗用的水、电和燃气分别从国内购进。2012年7月份，取得生产用水、用电、用气的增值税专用发票，适用税率为13%。其中，用水计税价格为1200元，税额156元；购买用电计税价格为3000元，税额390元，购买燃气计税价格为1000元，税额130元。按照政策规定，输入七类特殊区域的水、电、气应由区内生产企业申报退（免）税，经计算，退（免）税=（1200+3000+1000）×13%=676元。

　　（二）消费税退税的计税依据

　　出口货物的消费税应退税额的计税依据，按购进出口货物的消费税专用缴款书和海关进口消费税专用缴款书确定。

　　三、出口货物退（免）税与免税申报

　　进出海关特殊监管区域的货物在办理增值税退（免）税或免税、消费税退（免）税或免税时，其相关的出口企业应先办理退（免）税认定手续，具体时限为取得对外贸易经营者备案登记或签订首份委托出口协议之日起30日内，或发生出口货物劳务业务之前，填报《出口退（免）税资格认定申请表》，并提供相关资料到主管税务机关办理出口退（免）税资格认定。如果在出口退（免）税资格认定之前发生的出口货物劳务，可以在办理出口退（免）税资格认定后的，退（免）税或免税申报期内进行申报。

　　（一）退（免）税与免税申报

　　1、经过认定的相关出口企业，应在规定的增值税纳税申报期内向主管税务机关申报增值税退（免）税和免税、消费税退（免）税和免税。委托出口的货物，由委托方申报增值税退（免）税和免税、消费税退（免）税和免税。以退（免）税申报为例，假设境内生产企业甲1月份报关出口至保税物流园区一笔货物，由于单证没有收齐，企业甲在2月份的增值税纳税申报期内，对1月份确定的收入以及当期不得免征和抵扣税额进行了纳税申报，同时，按单证不齐进行了免抵退税申报。4月份，企业甲收齐了该笔出口货物的所在单证，并在5月份的增值税纳税申报期内，做单证收齐计算免税退税申报了免抵退税。

　　2、特殊区域内的企业出口的特殊区域内的货物，应在出口或销售次月的增值税纳税申报内，向主管税务机关办理增值税、消费税免税申报。

　　（二）申报退（免）税的其他要求

　　1、七类特殊区域内生产企业耗用的水、电、气，应在购进货物增值税专用发票的开具之日次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期内填报《购进自用货物退税申报表》，向主管税务机关申报退税。逾期的，企业不得申报退税，进项税额须转入成本。

　　2、适用增值税免税政策的出口货物劳务，境内企业如果放弃免税，实行按内销货物征税的，应向主管税务机关提出书面报告，一旦放弃免税，36个月内不得更改。

　　3、出口货物除输入七类特殊区域的水、电、气以外，境内企业不得开具增值税专用发票办理出口退（免）税。