以债转股方式进行债务重组，其核心是如何确定股权的价值并在财务报表中反映。财政部最终采用以股权的公允价值入账并确定损益。这样的会计处理隐含的一个前提是：在债权转股权的方式下，原债权的账面价值必然大于转股后股权的公允价值，即债权人在债权转股权的同时，遭受了“重组损失”：债权的一部分被放弃，一部分转化为资本公积，剩余的部分转化为股本或实收资本，与其他股东一起分享企业净资产。
　　一、债转股转让价格的确定。
　　财政部1988年6月颁布的《企业会计准则——债务重组》规定：债权转股权时，债权人应将享有的债务企业的股权的公允价值确认为长期投资。公允价值是指公平交易中，熟悉情况的交易双方，自愿进行资产交换或债务清偿的金额。
　　债务企业为上市公司的，准则明确规定：如债务人为股票公开上市公司，债权人因放弃股债而享有的股权的公允价值是按评估价或双方协议的公允价值。
　　债转股三个阶段的会计处理方法。债转股的运作过程分为三个阶段：重组日为第一阶段；债转股后企业为第二阶段；金融资产管理公司阶段性持股后退出企业是第三阶段。
　　一是债转股实现日的会计处理。当债务人为股份制企业时，债务企业应将债权人因放弃债权而享有的股权份额确认为股本；当债务人为非股份制企业时，债务企业应将债权人因放弃债权而享有股权份额确认为实收资本。股权份额的公允价值与实收资本（股本）之间的差额确认为资本公积。重组债务的帐面价值与股权份额的公允价值之间的差额作为债务重组收益，计入当期损益。
　　二是债转股实现后企业运作阶段的会计处理。对于国有企业来说，债转股后企业维持正常持续经营，其会计业务核算按一般业务处理。在这个过程中，金融资产管理公司要参与国有企业的经营的决策，但不干预其日常运作，因而其会计处理与一般经营周期相似。在年终分发股利或分红时，对金融资产管理公司作一般投资人处理。
　　三是金融公司阶段性持股后退出国有企业时的会计处理。由于金融资产管理公司只是解决银企不良债权债务关系，中介的性质决定了对其企业的持股只是阶段性的持股，实现持股目标收回资金后必须退出企业。这分为两种情况来处理，一种是企业摆脱困境，实现盈利，金融资产管理公司达到收回投资目的，不良债权转化成功，则可以转让股权，退出企业；另一种是企业经营失败，最终导致企业清算破产。前一种情况有两种方式：一是金融资产管理公司将股权出售给其他公司，此时债务企业的会计处理应为：若为上市公司，无需作处理；若为非上市公司，应在减少“实收资本——资产管理公司”股票份额的同时，增加等额的“实收资本——XX公司”的股票份额；二是金融资产管理公司不将股权出售给其他企业，而是直接出售给债务企业，这种情况下，债务企业的会计信息应同时反映货币资金的减少和所有者权益的减少。对后一种情况，只能适用于破产清算会计，实际上是把企业破产时间延后，债转股时的潜在风险还是转化成为实际的投资损失。
　　二、务重组财税差异
　　《企业会计准则——债务重组》规定在债务转换为资本的过程中，债务人应将应付债务的账面价值与债权人因放弃债权而享有的股权份额和应支付的相关税费的差额，作为资本公积；债权人应按应收债权的账面价值加上应支付的相关税费，作为受让股权的入账价值。
　　《企业债务重组业务所得税处理办法》也有规定，债务人（企业）应当将重组债务的账面价值与债权人因放弃债权而享有的股权的公允价值的差额，确认为债务重组所得，计入当期应纳税所得额；债权人应当将享有的股权的公允价值确认为该项投资的计税成本。
　　三、例：甲股份有限公司欠乙公司购货款１００００００元。由于甲公司现金流量不足，无法偿付货款。２００３年４月，经协商，甲公司以其普通股抵偿该债务。甲公司用于抵债的普通股为１０００００股，每股面值为１元，市价为９元。乙公司将该普通股作为短期投资入账，并于２００４年１０月将该股权转让，取得价款１１０００００元。假定乙公司未对该项应收款项计提坏账准备，债务转为股份及乙公司转让上述股权过程中未发生相关税费。
　　甲公司的会计处理：
　　依据《准则》的规定，甲公司以债权转为普通股的方式清偿其债务，应将债务的账面价值与债权人因放弃债权而享有股权的账面价值之间的差额，确认为资本公积。
　　应计入资本公积的金额＝1，000，000－１00，000×１＝９00，000元。
　　借：应付账款———乙公司   １，000，000
　　  贷：股本                     １00，000
　　     资本公积———股本溢价     ９00，000
　　甲公司的税务处理：
　　按照《办法》的规定，甲公司应将债务的账面价值与债权人因放弃债权而享有的股权的公允价值的差额，确认为债务重组所得。
　　甲公司债务重组所得＝１，000，000－１00，000×９＝100，000元。
　　２００３年，会计上不确认债权转股权的收益，而税务上确认债务重组所得１00000元，会计处理比税务处理少计所得１00000元。因此，甲公司在办理２00３年企业所得税纳税申报时，应调增应纳税所得额100000元。
　　乙公司的会计处理：
　　依据《准则》的规定，甲公司以债务转为股本的方式清偿乙公司债务，乙公司应按债权的账面价值作为受让的股权的入账价值。
　　借：短期投资            １000000
　　  贷：应收账款———甲公司                    １000000
　　乙公司的税务处理：
　　１、２００３年４月，乙公司接受资本方式清偿时，
　　该项投资的计税成本为900000元，而会计成本为1000000元，会计成本比计税成本多100000元，即税务上需确认债务重组损失100000元。因此，乙公司在办理2003年企业所得税纳税申报时，应调减应纳税所得额1000000元。
　　２、2004年10月，乙公司转让该股权时，
　　借：银行存款    1100000
　　  贷：短期投资  1000000
　　     投资收益  100000  
　　该项股权的会计成本为1000000元，计税成本为900000元，税务处理比会计处理少计成本100000元，即转让该股权的计税所得比会计收益多100000元。因此，乙公司在办理2004年企业所得税纳税申报时，应调增应纳税所得额100000元。
　　综上，乙公司在办理2003年、2004年企业所得税纳税申报时，分别应调减、调增应纳税所得额100000元。也就是说，从乙公司接受甲公司清偿债务的股权至将该股权转让的整个过程之后，该公司的应纳税所得额与会计利润是一致的。