（一）科目设置
　　按照规定，凡是应当缴纳增值税的事业单位，应在“应交税金”科目下设置“应交增值税”明细科目。“应交税金--应交增值税”科目的借方发生额，反映企业购进货物支付的进项税额和实际已缴纳的增值税税额；贷方发生额，反映销售货物应收取的增值税额、转出已支付或应分担的增值税；期末借方余额，反映企业多缴或尚未抵扣的增值税；期末贷方余额，反映企业尚未缴纳的增值税。
　　作为一般纳税人的事业单位，应在“应交税金--应交增值税”明细账中，设置“进项税额”、“已交税金”、“销项税额”、“进项税额转出”等专栏。其中：
　　“进项税额”专栏，记录事业单位购入货物或接受应税劳务而支付的、准予从销项税额中抵扣的增值税额。事业单位购入货物支付的进项税额，用蓝字登记；退回所购货物应冲销的进项税额，用红字登记。
　　“已交税金”专栏，记录事业单位已缴纳的增值税额。事业单位已缴纳的增值税额用蓝字登记；退回多缴的增值税额用红字登记。
　　“销项税额”专栏，记录事业单位销售货物应收取的增值税额。企业销售货物应收取的销项税额，用蓝字登记；退回销售货物应冲销销项税额的，用红字登记。
　　“进项税额转出”专栏，记录企业的购进货物发生非正常损失以及其他原因而不应从销项税额中抵扣，按规定转出的进项税额。
　　小规模纳税人企业（即按税法规定应为小规模纳税人、实行简易办法计算应纳增值税额的企业）可在“应交税金”科目下设置“应交增值税”明细科目，仍可沿用三栏式帐户，核算企业应交、已交及多交或少交的增值税。
　　账务处理方法:
　　（一）一般纳税人帐务处理的方法
　　1、进项税额的核算
　　（1）作为一般纳税人的事业单位购进材料、商品等：
　　借：材料等
　　　　应交税金--应交增值税（进项税额）
　　　　贷：银行存款等
　　（2）接受捐赠的货物:
　　借：应交税金--应交增值税（进项税额）
　　原材料等
　　贷：资本公积
　　（3）接受应税劳务（加工、修理修配劳务）
　　借：应交税金--应交增值税（进项税额）
　　　　材料等
　　　　贷：银行存款等
　　（4）购进免税农业产品:
　　借：应交税金--应交增值税（进项税额）
　　材料等
　　贷：银行存款等
　　（5）购入固定资产:
　　借：固定资产
　　　　贷：银行存款等
　　（6）企业购入货物或接受应税劳务直接用于非应税项目，或直接用于免税项目以及直接用于集体福利和个人消费:
　　借：材料采购等
　　　　贷：银行存款等
　　（7）企业购入货物或接受应税劳务没有取得专用发票，而取得普通发票（不包括购入免税农业产品）:
　　借：材料采购等
　　　　贷：银行存款等
　　2、销项税额核算
　　（1）作为一般纳税人的事业单位向外销售货物或提供应税劳务：
　　借：银行存款等
　　　　贷：应交税金--应交增值税（销项税额）
　　　　　　经营收入
　　（2）将自产货物或委托加工货物用于非应税项目，按规定应视同销售计算应交增值税：
　　借：在建工程等
　　　　贷：应交税金--应交增值税（销项税额）
　　　　　　经营收入等
　　（3）将自产、委托加工或购买的货物用于集体福利等，按规定应视同销售货物计算应交增值税。则：
　　借：应付福利费等
　　　　贷：应交税金--应交增值税（销项税额）
　　　　　　经营收入等
　　（4）将自产、委托加工或购买的货物无偿赠送他人，应视同销售货物计算应交增值税:
　　借：营业外支出
　　　　贷：应交税金--应交增值税（销项税额）
　　　　　　经营收入等
　　（5）随同商品出售但单独计价的包装物，按规定应交纳的增值税:
　　借：银行存款等
　　　　贷：应交税金--应交增值税（销项税额）
　　　　　　经营收入
　　企业逾期末退还的包装物押金，按规定应交纳的增值税额:
　　借：其他应付款
　　　　贷：应交税金--应交增值税（销项税额）
　　　　　　营业外收入
　　3、进项税额转出的核算
　　事业单位购进的货物、在产品、产成品改变用途，用于在建工程、职工福利等，其进项税额应相应转入有关科目:
　　借：在建工程或应付福利费
　　　　贷：应交税金--应交增值税（进项税额转出）
　　事业单位在财产清查中发现的货物盘亏，按规定应转作“待处理财产损溢--流动资产损失”科目，其进项税额也应相应转人“待处理财产损溢--流动资产损失”科目，其会计分录为：
　　借：待处理财产损溢--流动资产损失
　　　　贷：应交税金--应交增值税（进项税额转出）
　　　　　　原材料
　　（二）小规模纳税人帐务处理
　　（1）小规模纳税人事业单位购入货物及接受应税劳务：
　　借：材料等
　　　　贷：银行存款等
　　（2）小规模纳税人事业单位对外销售货物或提供应税劳务：
　　借：银行存款等
　　　　贷：应交税金--应交增值税
　　　　　　经营收入等
　　（三）缴纳增值税税额的核算
　　企业按规定预缴增值税时：
　　借：应交税金--应交增值税（已交税金）
　　　　贷：银行存款
　　次月初结算上月税款时需要补缴税款时，作与上述同样分录；收到退回多缴的税款时，作如下会计分录：
　　借：银行存款
　　　　贷：应交税金--应交增值税（已交税金）
　　小规模纳税人事业单位预缴税款时，作如下会计分录：
　　借：应交税金--应交增值税
　　　　贷：银行存款
　　次月初结算时需要补缴税款的，按补缴税款作同样分录；需要退回多缴的税款的，在收到退回的税款时，作会计分录：
　　借：银行存款
　　　　贷：应交税金--应交增值税