河北省邯郸市一家大型超市租用某运输公司车辆从蔬菜种植基地和家禽养殖基地购进蔬菜和鸡蛋，并取得了运输公司开具的运输业专用发票，金额合计2.6万元，但是税务机关却不允许超市抵扣这笔款项，这是为什么？

　　《财政部、国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（财税〔2011〕137号）规定，经国务院批准，自2012年1月1日起，对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税。《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税〔2012〕75号）规定，经国务院批准，自2012年10月1日起，对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。免征增值税的鲜活蛋产品，指鸡蛋、鸭蛋、鹅蛋，包括鲜蛋、冷藏蛋以及对其进行破壳分离的蛋液、蛋黄和蛋壳。因此，超市销售的蔬菜和鸡蛋都属于免税商品。

　　财税〔2013〕37号文件附件2《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》第二条规定，原增值税一般纳税人接受试点纳税人提供的应税服务，用于简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费，其中涉及的专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁，仅指专用于上述项目的专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁，其进项税额不得从销项税额中抵扣。用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务，其进项税额不得从销项税额中抵扣。

　　所以，超市从事免征增值税的蔬菜批发、零售，其取得的货物运输业增值税专用发票，不得抵扣进项税额。